Glavni vir financiranja mikrobiološke zbirke Ex v okviru IC Mycosmo od ustanovitve Infrastrukturnega Centra predstavljajo namenska proračunska sredstva Republike Slovenije, dodeljena prek Javne agencije za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije (ARRS). Del stroškov delovanja pokrijejo prihodki od komercialne prodaje kultur in storitev po naročilu.