V letu 2013 smo v okviru IC Mycosmo določili celotno genomsko zaporedje evkariontskega organizma v Sloveniji. V letih, ki so sledila, se je IC Mycosmo razvil v pomemben center genomskih in transkriptomskih raziskav, ki ne le pospešeno sekvencira genomska zaporedja mikroorganizmov, shranjenih v lastni genski banki, temveč ima tudi znanje za njihovo analizo. Posebnost tega centra je tudi specializacija za genomske podatke ekstremofilnih gliv, s kakršnimi se v svetovnem merilu ukvarja le peščica raziskovalnih skupin. Pridobljeno znanje kot podatki so v okviru IC javno dostopni.

 

Prve genome smo sekvencirali v sodelovanju s kanadskimi znanstveniki z Univerze UBC in kanadskim centrom za genomiko GSC (genom ekstremno halotolerantne črne kvasovke Hortaea werneckii), z znanstveniki kitajskega inštituta BGI (genom obligatno halofilne glive Wallemia ichthyophaga) ter z raziskovalci Joint Genome Institute (JGI) ameriške Agencije za energijo (genomi štirih črnih kvasovk rodu Aureobasidium). Genomi teh edinstvenih organizmov so bili prvi v celoti sekvencirani genomi ekstremno halotolerantnih in halofilnih gliv na svetu. Kasneje smo te podatke razširili s sekvenciranjem genomskih zaporedij več deset sevov istih vrst ter z analizami primerjalne in populacijske genomike. Mnogo teh gliv je bilo izoliranih v Sloveniji, s posebnim poudarkom na biološko posebnem okolju Sečoveljskih solin.

 

V letu 2021 smo v sodelovanju s Kitajsko-Danskim inštitutom QEI začeli projekt 10k Extremophiles, katerega srednjeročni cilj je sekvencirati genome 10 000 gliv iz zbirke Ex.

 

1. Genom ekstremno halotolerantne črne kvasovke Hortaea werneckii. Sodelovanje s kanadskimi znanstveniki z Univerze UBC in kanadskim centrom za genomiko GSC. Določeno genomsko zaporedje črne kvasovke Hortaea werneckii je obenem tudi prva na sol odporna gliva kvasovka z znanim genomom v svetovnem merilu.

2. Genom obligatno halofilne glive Wallemia ichthyophaga, najdene v Sečoveljskih solinah. Sodelovanje z znanstveniki kitajskega inštituta BGI.

3. Genomi štirih varietet črne kvasovke Aureobasidium pullulans, ki so bili osamljeni iz različnih okolij po svetu (http://www.jgi.doe.gov/News/news_10_10_04.html). Sodelovanje z Joint Genome Institute (JGI) v okviru ameriške Agencije za energijo.

 

Reference:

Cene Gostinčar, Martina Turk, Janja Zajc, Nina Gunde-Cimerman (2019). Fifty Aureobasidium pullulans genomes reveal a recombining polyextremotolerant generalist. Environmental microbiology 21(10): 3638-3652. doi: 10.1111/1462-2920.14693

Cene Gostinčar, Xiaohuan Sun, Janja Zajc, Chao Fang, Hou Yong, Yonglun Luo, Nina Gunde-Cimerman, Zewei Song (2019). Population genomics of an obligately halophilic basidiomycete Wallemia ichthyophaga. Frontiers in microbiology 10: 1-12. doi: 10.3389/fmicb.2019.02019

Sun Xiaohuan, Cene Gostinčar, Chao Fang, Janja Zajc, Yong Hou, Zewei Song, Nina Gunde-Cimerman (2019). Genomic evidence of recombination in the basidiomycete Wallemia mellicola. Genes 10(6): 1-15. doi: 10.3390/genes10060427

Cene Gostinčar, Jason Eric Stajich, Jerneja Zupančič, Polona Zalar, Nina Gunde-Cimerman (2018). Genomic evidence for intraspecific hybridization in a clonal and extremely halotolerant yeast. BMC Genomics 19: 1-12. doi: 10.1186/s12864-018-4751-5

Cene Gostinčar, Robin A Ohm, Tina Kogej, Silva Sonjak, Martina Turk, Janja Zajc, Polona Zalar, Martin Grube, Hui Sun, James Han, Aditi Sharma, Jennifer Chiniquy, Chew Yee Ngan, Anna Lipzen, Kerrie Barry, Igor V Grigoriev, Nina Gunde-Cimerman (2014) Genome sequencing of four Aureobasidium pullulans varieties: biotechnological potential, stress tolerance, and description of new species. BMC Genomics 15:549. doi:10.1186/1471-2164-15-549

Metka Lenassi*, Cene Gostinčar*, Shaun Jackman, Martina Turk, Ivan Sadowski, Corey Nislow, Steven Jones, Inanc Birol, Nina Gunde Cimerman, Ana Plemenitaš (2013) Whole genome duplication and enrichment of metal cation transporters revealed by de novo genome sequencing of extremely halotolerant black yeast Hortaea werneckii. PLoS ONE 8(8): e71328. --- *equally contributed doi:10.1371/journal.pone.0071328

Sunita Sinha, Stephane Flibotte, Mauricio Neira, Sean Formby, Ana Plemenitaš, Nina Gunde-Cimerman, Metka Lenassi, Cene Gostinčar, Jason Eric Stajich, Corey Nislow (2017) Insight into the recent genome duplication of the halophilic yeast Hortaea werneckii: combining an improved genome with gene expression and chromatin structure. G3 7(7):2015-2022. doi: 10.1534/g3.117.040691

Janja Zajc, Yongfeng Liu, Wenkui Dai, Zhenyu Yang, Jingzhi Hu, Cene Gostinčar and Nina Gunde-Cimerman (2013) Genome and transcriptome sequencing of the halophilic fungus Wallemia ichthyophaga: haloadaptations present and absent. BMC Genomics 14:617. e71328. doi:10.1186/1471-2164-14-617

Vera Y. Matrosova, Elena K. Gaidamakova, Kira S. Makarova, Olga Grichenko, Polina Klimenkova, Robert P. Volpe, Rok Tkavc, Gözen Ertem, Isabel H. Conze, Evelyne Brambilla, [24 other authors], Nina Gunde-Cimerman, Tine Grebenc, Cene Gostinčar, Michael J. Daly (2017) High-quality genome sequence of the radioresistant bacterium Deinococcus ficus KS 0460. Standards in genomic sciences 12:46. doi: 10.1186/s40793-017-0258-y

LENASSI, Metka, GOSTINČAR, Cene, JACKMAN, Shaun, TURK, Martina, SADOWSKI, Ivan, NISLOW, Corey, GUNDE-CIMERMAN, Nina, PLEMENITAŠ, Ana, et al. Whole genome duplication and enrichment of metal cation transporters revealed by De Novo genome sequencing of extremely halotolerant black yeast Hortaea werneckii. PloS one, ISSN 1932-6203, Aug. 2013, vol. 8, iss. 8. http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0071328, doi: 10.1371/journal.pone.0071328. [COBISS.SI-ID 30761177]

ZAJC, Janja, LIU, Yongfeng, DAI, Wenkui, YANG, Zhenyu, HU, Jingzhi, GOSTINČAR, Cene, GUNDE-CIMERMAN, Nina. Genome and transcriptome sequencing of the halophilic fungus Wallemia ichthyophaga : haloadaptations present and absent. BMC genomics, ISSN 1471-2164, 2013, vol. 14, str. [1-20], 617. http://www.biomedcentral.com/1471-2164/14/617/, doi: 10.1186/1471-2164-14-617. [COBISS.SI-ID 2916687]